Centro de Pesquisas Canguçu (CPC)
O Centro de Pesquisa Canguçu está localizado no município de Pium, no Tocantins, a 220 Km de Palmas, entre duas importantes Unidades de Conservação: o Parque Nacional do Araguaia e o Parque Estadual do Cantão. Foi inaugurado em 1999 com o intuito de gerar oportunidade para diversas produções científicas, dissertações e teses de mestrado e doutorado. A construção foi feita por meio do sistema de palafitas devido às enchentes sazonais, uma vez que situa-se às margens do Rio Javaés. A área é caracterizada como região ecotonal por apresentar peculiaridades de Cerrado e Amazônia. É uma região de elevado interesse cientifico, tecnológico, econômico e social.
São objetivos do Centro, entre outros, a melhoria da qualidade de vida das populações em sua área de influência; a geração de informações cientificas e tecnológicas necessárias aos projetos ligados ao meio ambiente; além de subsidiar aulas práticas de Graduação e Pós-Graduação. O trabalho no Canguçu é conduzido em parceria com diversas instituições de pesquisa, entre elas: Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas da Universidade de São Paulo (IAG/USP), Universidade Estadual do Tocantins (UNITINS), Universidade Federal do Tocantins (UFT) e Universidade de New Hampshire (UEA).
Centro de Convivência e Treinamento de Pium
O Centro de Convivência e Treinamento é resultado do convênio entre o governo japonês e o Instituto Ecológica, com o apoio da Secretaria da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Seagro). A inauguração foi realizada em 2008, com o objetivo de buscar o envolvimento das comunidades locais com as questões ambientais através de capacitações, pesquisas e implantação de novas tecnologias sustentáveis, inclusão digital e divulgação dos projetos.
O Centro conta com um viveiro de mudas nativas do Cerrado que abastece os projetos de reflorestamento e os sistemas agroflorestais. Além disso, também possui salas de costura, informática, processamento de frutas, biblioteca e um mini-auditório.
Centro de Conhecimento em Biodiversidade Tropical de Taquaruçu (Ecotropical)
Localizado no município de Taquaruçu, o Centro de Pesquisas em Biodiversidade Tropical tem como foco o desenvolvimento de pesquisas interdisciplinares sobre a biodiversidade dos diferentes ecossistemas e relação com mudanças climáticas. O Centro tem por objetivo fomentar o intercâmbio entre jovens cientistas internacionais e brasileiros, e foi implementado em 2007 em parceria com: Instituto Energias, Universidade de Aveiro, Ministério da Ciência e Tecnologia, Fundação Universidade do Tocantins, Ibama, Naturatins, Secretaria de Recursos Hídricos e Meio Ambiente, Celtins, Investco e Eletronorte.
O Ecotropical tem estrutura que conta com sala com 10 computadores; biblioteca; laboratório de taxonomia de plantas e animais; dois dormitórios com banheiros, com capacidade para um total de 16 alunos; dois dormitórios com banheiros, com capacidade para um total de 4 orientadores; restaurante; cozinha e lavanderia.
Casa do Artesão de Taquaruçu
A Casa do Artesão está localizada em Taquaruçu, a 25 Km de Palmas, no estado de Tocantins. A casa foi construída pelo Instituto Ecológica em parceria com a Prefeitura de Palmas e administrada pela associação dos artesãos de Taquaruçu. Inaugurada em 2002, a Casa visa valorizar e unir os artesão locais, expondo produtos artesanais, além de contatar com um viveiro de mudas.